ブックマーク内の記事紹介 & 科学

インターネットの気に入った記事や、あとで読もうと思ったページなどをブックマークに登録し続けた結果、ブックマークが素晴らしい量に膨れ上がっています。それらの記事をここにて紹介し順に消していけば、ブックマークもすっきり、記事の内容も頭に残り、おまけにブログにネタも手に入るという一石三鳥、のはず。

そんな中でも紹介せずにはいられない記事を一つ。

アサリがあっさり死んだわけ


アサリをペットとして飼おうとしたものの、あっさりと死んでしまった経験をバネに、試行錯誤を重ねながら水槽の中で生きている日数を延ばしていく小学4年生による研究です。なぜ当初の飼育環境ではアサリは短命なのかという疑問に対し、その理由を仮定し、それらを一つ一つ検証しているのは見事としか言いようがありません。時折、アサリの殻の成分を分析したり、DNAを単離したりと、中には自分は民間で手に入るとは知らなかったキットを使う場面もありました。現地調査と文献の調査による、アサリの生態、環境、生理、地理的な要素を総合的に調査しているのは、他者の入れ知恵があったであろうことを考慮しても、よくまとめたなと感心します。

科学では、疑問に対し論理的に調査を進めることを重視します。一つ一つの事柄を地道につなげてゆくのが大切だと思います。「大発見にはそれに見合う規模の大冒険やエキサイティングな大実験が必要」と思われている節があるかと思いますが、必ずしもそうではありません。進化論で有名なダーウィンのキャリアでは何かとビーグル号での航海が注目されがちですが、彼が実際に色んな証拠を検証し、熟考を重ね進化論に至ったのは田舎で家族との奥まった暮らしの中でのことです。

科学の進歩は今なお続いています。そんな中、いままで通りやそれ以上に、大学院以上のレベルでの研究に力を入れるのは重要だと思いますが、次のステップはやはり一般の人々にも論理的な考え方というものが浸透されるのが大事だと思います。アメリカでは恐るべき割合の人々が、人類は恐竜と共存していたという与太話や、聖書の内容が史実だと信じており、なかには政策へ影響を与える立場にいる人もいます。「そんなこと、自分には関係ないよ」という人々は自分の子供が生物の授業にて、神は7日の内に地球を作ったなどの創造論を教えられる可能性について考えたことがあるのでしょうか。

技術の進歩による恩恵を受ける傍ら、それに至る過程や考え方を無視したり、論理的な意見であるにも関わらず自らの立場に都合の悪い意見を退けるのはズルいと思います。

キジを食べてみた。

タイトルの通りです。

1年半ほど前より、大学にて週に一度小さな市が立つようになっています。主に有機栽培の肉やチーズ、野菜などを売っています。自分は主に生産効率の視点から有機栽培に肯定的ではないのですが、便利なので利用しています。

この前に市にて、ずっと気になっていたキジの肉をついに買ってみました。

 今晩の主役、キジです。ちゃんとPhesantって書いてあります。値段は4ポンド。Googleによれば￥500弱だそうです。円高ですね（涙）　（自分の給料はポンド払いなんだ！）

料理の才能などないので、とりあえず普通のローストチキンみたいに、塩コショウとバターで焼いてみました。

 焼くこと1時間弱、ついに降臨！フラットメートがロウソクに火をともしてくれました。ただの晩飯なのに。

肝心の味の方はというと、悪くはなかったです。ニワトリよりずっと硬くて脂肪も少なく、ニワトリでは見られない細かい骨（腱？）がドラムスティックにたくさんあり、「これくらい鍛えてないと野鳥は務まらないのだなあ」という印象を受けました。ニワトリが白っぽい肉なのに対し、キジはカモや牛肉のように黒っぽい肉です。おいしかったのですが、コストの問題に加え、あまり食べやすくもないし、主観的な「肉を食べる喜び指数」では普通にニワトリでいいような気もします。

生態系に悪影響を与えないのであれば、このように野鳥や野獣が食卓に上るのも悪くはないと思います。また、食肉生産や農業が環境に負担をかけている現状にて、かつては有効利用されていた自然のリソースはどれくらい有効活用できるのかに興味があります。

ついでに、関係のある記事を張っておきます。

鹿をワナにかけて狩り、解体して料理するまでの一部始終の全記録写真

オーストラリアではカンガルーやウサギ、日本ではシカ、イギリスではウサギなどが害獣として駆除されています。それらの肉や毛皮が安価に出回れば、自分のような学生の懐もだいぶ助かると思うのですが。実際にイギリスではインターネットでウサギ肉を売っていますが、安くないです。おそらく効率の視点から割に合わないのかもしれません。

ニュースと感想

Police seize 1,000 beer kegs in London

近年金属類の値段が上がり、それに伴い金属の窃盗や盗品の売買が盛んになっているそうです。上の記事は、盗品のビールの樽を不法な売却が取り押さえられたとかいうニュースですが、その記事内にも関連記事として去年あたりから、鉄道のレールが盗まれたという類のニュースが紹介されています。

もちろん金属の中でも価格が上昇している物と、そうでない物があるのかもしれませんが、この機会にリサイクルを推し進められない物かと妄想しています。自分が住んでいるロンドンのタワーハムレット地区では、特にごみを分別しないようですし、ドイツで見かけるガラスを色分けして入れるタイプのリサイクル箱も近くにありません。その一方でアルミ缶などは、いたるところで捨てられているので、家庭から出る缶詰などの鉄くずと併せて考えると、割といい金額の資源が手つかずのままなのかもしれません。

2012

あけましておめでとうございます。1月3日に渡英しました。半日以上にわたるフライト、さらには2日間の小規模な学会など座り続ける機会が立て続けにあったので、なかなか運動ができず時差ボケが治らない日々が続いています。十代のころはものの2日で完璧に治ったものですが。意を決し、ジョギングに行ってきました。運動不足に加え、渡英前の1月2日は風邪をひいていたので、体がすっかりなまっていました。これから徐々に いつものペースを取り戻せば良いなと。

なんと興味本位でタイムも計ってみました。Google Earthでジョギングコースの距離を測り、割り出したスピードを駅伝のベストタイムと比べてみました。

赤線がいつものジョギングコース。全部で7.33kmです。走った距離で囲まれた面積だけならオリンピックの開催地とも肩を並べそうですぞ。

今夏開催のオリンピック、開催地はこんなに近いのに庶民には何も見に行けそうにないです。

病み上がり、運動不足の自分の今日のタイムは42分30秒でした。
大体時速10.35キロですね。

箱根駅伝1区(21.4 km)の記録は1時間1分06秒です。なんと平均時速21.049キロです。自分の3倍近くの距離を2倍くらいの速度で走ってるんですね。自分も駅伝とはいくわけにはいきませんが何とか平均速度を一割くらいあげたいような気はします。

最後に...
オリンピック開催地を手前に、ジョギングコース、そして市内。

進化と大衆

ご無沙汰です。４年の博士課程の内、３年間の実験期間の終わりが近づいてきているので、特に実験が忙しいです。11月はじめにもグルノーブルのシンクロトロン放射光施設へ行きました。自分の博士課程では最後のシンクロトロンでしたので、それ以降はもっぱら生化学系の実験を終わらせることに時間を費やしています。

時に、かなり前にキンドルを買いました。モデルリニューアルの前でしたので、キーボードありの3G無しモデルです。「これでいろんなジャンルの本を読破してやるぜ」なんて当時の勢いはどこのその、結局は生物の本ばかり読んでます。リチャード・ドーキンスのThe Greatest Show On Earth（進化の存在証明）を読み終え、今はニック・レーン(Nick Lane)のLife Ascendingを読んでいます。そんな中、自分の心を掴んでやまない、進化について積もりに積もった感想などを今回は垂れ流そうかと思います。


自分は一般大衆の科学についてどう思っているか、ということに関心があります。とくに生物の進化、そして科学全般にも係る人々の意見などです。日本ではあまり関心がないことかもしれませんが、大局的にはいずれ重要になることと思います。

まず最初に - これを最初に書くことは実は極めて不本意なのですが - 進化に限らず、ある事柄が事実かどうなのかに興味がない人へ。当人にとってはどうでもよいことでも、社会全般には大切なことがあります。たとえばアメリカでは40％近くの人々が進化論を否定し、そのような人の中には権力を持ち、政策にかかわる人もいます。十二分に可能なシナリオとしては、聖書に沿った創生論が生物学の教科書にのることや、生物以外に視点を向ければ、効き目のない詐欺同然、インチキの代替医療が莫大な儲けを得ていることをみすみす見逃すことになるなど、です。そのような社会に将来の自分たち、さらには親族や子孫たちが住むことを想像してみてください。社会レベルで科学を認めるのは大切なことだと思います。

進化は本当なのか、嘘なのか。

自分が大学院で研究を行っているクイーン・メアリーの生化学学部でも多数の学部生、特にイスラム教の学生などが進化を真向に否定していますが、彼らはいったいどのような気持ちで進化を否定しているのかが不思議です。科学とは実験、議論、実証を繰りかえし積み重ね、手持ちの知識をより真実に近づけていくものです。そのプロセスの中で仮説があれば、もちろんそれは反証されえますし、進化も例外ではありません。実際、哲学的には我々には一つとして証明できるもの等、ないのかもしれません（カール・ホッパー）。しかし、そのような手探りの中で我々が得たものの中には極めて事実に近いと思われる事柄があるのは事実です。薬を飲めば、病気は早く回復しますし、物理の法則を理解し、軌道を予測して打ち上げられた人口衛星は実際にテレビの電波を飛ばしています。それならば、それらの事柄と同じような信頼度で立証された事柄、しかもそれは多数の証拠から立証されているとなれば、理由もなくそれを否定するのは滑稽に思えます。進化論とはもはや遺伝学、古生物学、分類学など、幾多の分野によって維持され、どのようなメカニズムで起こるのかの説明がなされています。この時点で、いくつも存在する各宗教の聖書による創造論よりも、進化論のほうが妥当と思われます。

創造論を支持する人々は進化論は仮説に過ぎない、と論じますが、創造論が進化論と同じレベルで科学によって立証されているかについては彼らは論じません。挙句の果てには「お前は聖書を読んだことがあるのか」などと問われますが、聖書の内容を仮説とし、それがなぜ事実であり得るのかを証明しようとした試みは、科学の文献に比べ少ないと思います。

年月と科学によって 切磋琢磨を重ねた医学の恩恵にあずかる傍ら、同じような科学のプロセスを経た進化をさしおき、何の証拠もない創生論を鵜呑みにするというのは一貫性に欠けると思うのは自分だけでしょうか。しかも、それは自ら科学を学ぶ道を選んだ、上記の学部生たちによって行われているというのです。




いろいろと言いたいことを垂れ流しましたが、ここまで読んでくださった方、ありがとうございます。結局のところ、わずか人口の一部分しか食料生産に係っていないこのご時世、過剰生産は通貨として経済を回していますが、それが自分が人類の進歩を助け、社会の安定に役立つと信じている科学の発展に使われるかどうかは納税者が決めることです。ここに何か書くことによって、各々が少しでも自分の見解を持つことを促せれば幸いです。ネタも乏しいブログですが、文章を書くことによって自分のわずかしか残されていない日本語脳の活性化も図れば一石二鳥です。

失敗

津波により放射能漏れが起こり、その対処に苦労しているようです。何事もそうですが、最初から一発でうまくいくようなことはなかなか無いもんです。自分の実験がうまくいかないときもそうですが、なんだかこの記事は実験の大半に通じるところがある気がしますね。

落胆するのは仕方ないでしょうが、ぜひ復興に向けて進んでほしいところです。

【 2011年9月15日 ヒマワリに放射性セシウムの吸収効果期待できず 】

On crystallising the "high-hunging fruits" - collection of unusual strategies for protein crystallisation

For long has it been believed that the process of macromolecular crystallisation is stochastic - one is completely at mercy of the target protein.

The development of modern techniques are about to change this however, by directly addressing the inherent "crystallisability" of the proteins. Furthermore, there has been developments from other direction which I believe is noteworthy. Here I will make a collection of publications and notes about several unusual strategies in protein crystallisation pridominantly as a note for myself, but I hope it will be of use to whoever forwarded here by search engines. I will attempt the contradictory - keep it brief while maintaining the core information that distinguishes each of them.

Surface entropy reduction strategy
This method will directly address the crystallisability of the protein by creating a crystal contact patch on the surface of the protein. Crystallisation may be regarded as a chemical reaction where the lower the Gibb's free is, the better it proceeds. Some amino acids such as Glumate and Lysine will provide negative conformational entropy if they are to be stabilized during crystallisation. Now, negative of a negative will contribute positively to the overall Gibb's free energy.

This approach is my personal boom. This will be relevant and applicable in many situations because the majority of the difficult protein in progress will be cytoplasmic (they would have been chosen on an assumption that cytoplasmic protein will be easier to crystallise). Application of this technique to a membrane protein has shown success too.

Supply crystal contact sites
This approach is somewhat akin to the method above in the sense that crystal contact site is artificially introduced. This may be applicable to both cytoplasmic and membrane proteins.

For cytoplasmic proteins that are hard to "tame", it is an usual approach to add a tag such as MBP or GST to the protein to increase its solubility/stability. Usually the expression and purification is followed by the cleavage of the tag, but in this review, the authors discuss the approach to crystallisation with the tag intact. This has advantages such as shorter purification steps (no cleavage condition optimisation and separation) and additional source of phase information via molecular replacement. The drawback of potential flexibility between the tag and the target protein is addressed by opting for an inflexible linker comprising of polyalanine chain over the usual protease target sequence. The length of the linker is subject to optimisation.

Membrane proteins may be inherently less susceptible to crystallisation than cytoplasmic proteins. The solublisation of the membrane protein involves the use of detergents which forms vesicles whose radius is substantial relative to the dimension of the protein. The polar surface available as crystal contact site is hence potentially limited, and perhaps this also rationalise the more fragile nature of membrane protein crystals. In a recent structural report of highly anticipated GPCR - G-protein complex, the authors report the multitudes of techniques to overcome the problem. Llama nanobody was used to stabilise the flexible apo-form of the alpha subunit, but the interesting part for me is the incorporation of T4-lysozyme in between the transmembrane helices which served as crystallisation tag that sticks out of the vesicle and provide inter-protein contact areas.

Low gravity crystallisation
Low-gravity environment in the space has opened up possibilities for many novel experiments, as well as obtaining better macromolecular crystallisation. Those who can't afford such an expensive experimental set-up need not despair, however. A strong magnetic field that mimic the low-gravity environment has been shown to promote crystallisation of lysozyme. Sound excellent, though to what extend will this be practical is questionable. I personally have not seen any follow-ups to the New Scientist article above which is dated August 2007, but it could just have been me missing it.

Laser induced crystallisation
Exposing the crystallisation drop to circularly polarized light at 532nm has been reported to promote crystallisation. The effect to protein solubility has also been reported too.