Basic guides to APBS on PyMOL

The following instruction guides you on how to 1. Install and then 2. Run the APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) plugin for PyMOL under Windows.

Installation

Run apbs_i386_setup.exe
The installation process will create the folder apbs immediately under the C:\ drive. You can change the installation directory, but if you choose to do so, make sure that there is no space anywhere in the directory path.

e.g.
OK  C:\apbs
BAD C:\Users\abc\path with gaps
OK  C:\Users\abc\path_without_gaps

Running the APBS

1. Prepare the PQR file from the PDB file of the structure that you want to draw the electrostatic surface potential diagrams of.
   Visit http://nbcr-222.ucsd.edu/pdb2pqr_1.8/
   
   Either input the PDB accession code, or upload a PDB file.
   
   Download the PQR file.
   
2. Launch PyMOL. Firstly, load the coordinates of the structure (.pdb file). Access Plugin -> APBS Tools 2.1.
   
   
   
   
3. Again, make sure that there is not a single gap in any of the directory paths. I imagine APBS was originally developed to run of Linux-type operating systems.
   
   
   
   
   
4. After waiting, the screen should automatically change to the “Visualisation” tab.
   
   
   
5. Voila!
   
   
   
   One can ray trace it but it doesn’t seem to make much difference to be honest (below).
   
   
   
   
   
   
   
6. Note: While running the above procedure for a larger protein (55 kDa) under Windows 8.1 (64 bit), the PC hung with an error message, “computer has stopped responding” or something like that. I feel this is non-sense, because I saw in the task manager that APBS was happily doing its calculation, just taking some time. Besides, I successfully managed to carry out under Windows 7 Home (64bit). So I think it’s Windows 8.1 is mistaking a long calculation to PC being crashed. Reading the following page (http://www.tomshardware.com/forum/61690-63-program-responding-timeout-edit) did not help, unless I missed something.
   
   Update : Using free academic PyMOL 1.3 and APBS 1.2 can successfully complete the process for the 55kDa structure that failed in the above-mentioned setup, which was PyMOL 1.6 with APBS 1.4. Also failed with PyMOL 1.7 (64bit) with APBS 1.4 (32bit or 64bit). All tested under Windows 8.1 Pro 64bit.

メインPCアップグレードの巻

しばらく使っているこのメインデスクトップPC。スペック的にはほぼ満足してるのですが、World of Tanksを最高設定でFullHD解像度で動かすと、FPSが20程度までに落ち込むのでグラボをアップグレードすることにしました。

元のスペックは大体以下の通り。

Core i5 2500K @ 4.5 GHz
DDR3 PC3-10700 8 GB
Radeon HD5770 1 GHz
Crucial M500 SSD 480 GB

前世代のミドルローであったHD5770を新世代のミドルハイであるR9 270Xに交換する魂胆です！

作業開始。真ん中に鎮座しているのか今まで頑張ってきたHD5770。

取り出して比べてみます。上がR9 270X、下がHD5770。さすがにグレードの差がサイズに表れています。

そして装着。HD5770の補助電源は6ピンx1でしたが、R9 270Xは6ピンx2です。一応電源は足りているハズですが、スイッチを入れた瞬間に発火しないのを祈ります。

ドライバをアップデートし、作業は完了。所有時間は約30分。得た嬉しさはPRICELESS。

さて、一体性能は上がったのでしょうか？


まずはエクスペリエンス・インデックス。確かにグラフィック関係は上がりましたが、劇的ではありません。

次はCinebench R11.5のOpenGL。OpenGLは個人的にあまり重視していませんが。
12.24％の伸びです。やはり、劇的ではないのか・・・



次はFFXIVキャラベンチ。これは換装前のHD5770。

そしてこれが換装後のR9 270X。妥当なスコアアップというところでしょうか。

ベンチマークを見る限りでは効果が少ないものもありますが、World of Tanksでは、FPSが以前の20前後から、50-65まで向上し、落ち込みもありません。（もちろん設定は同じです）そのスムース具合はまさに別ゲー。２倍以上のFPSの伸びが見込めるというのはレビューなどから予測していましたが、それを体感するのは別の話。買ってよかったAMD！

今まで使ってきたグラボ歴を綴ると、

• RIVA TNT2
• GeForce FX5500
• GeForce 6600GT
• Radeon HD2600XT GDDR3版
• Radeon HD5770

そして今回の

• Radeon R9 270X

となるわけです。 それぞれ世代が離れているせいか、性能の向上度を毎回すごく感じます。一番感動したのは6600GTから2600XTに変えた時のような気がします。

Espript : Trouble shooting

I like Espript very much, but it can be confusing when error messages follow your job submissions, and you don't know what you have done wrong. I document my recent experience below so that I may return to this and others may also find it useful.

1. Make sure the sequences in the alignment and PDB are consistent.

Espript looks at both aligned sequences and the PDB files, therefore it will be confused if there is an inconsistency between the sequence in the alignment and the PDB.
Often, the sequences downloaded from RCSB/NCBI are not identical to that in the PDB structure files. This is because not all coordinates can be assigned where electron densities are weak.

In this case, you can use this to extract the amino acid sequence from PDB files. And then you can use it to create a sequence alignment.

Usually this will give you an alignment that will work well for Espript.

If you are still having a problem, read on.

2. Check the quality of the PDB.

Open the "Server logs" tab in the "Results" window. Many clues can be found here if something goes wrong. In my case, the log told me it found this strange "X" amino acid in the PDB I uploaded.

On closer inspection, it turns out that the coordinates of sidechains were missing from some amino acids.
(This is a fairly common crystallographic problem. Sometimes electron densities are too weak for assigning coordinates. Actually, I like the authors' honesty for not assigning coordinates if there are no electron density)

Espript uses DSSP for extracting secondary structure information from PDBs. You can obtain the DSSP file of your PDB, and mine looked like below.

**Tip: I prefer to rename my DSSP file to something like "file.dssp" for clarity.

I "corrected" the DSSP output file by replacing those "X" amino acids by what really are suppopsed to be in those places. So in the case above, the first two "X" were replaced by K and R. Additionally, I had to make sure that the residue numbers are completely contiguous (continuous) in the "RESIDUE" column.

So now you have an edited DSSP file that describes the secondary structure of your PDB file. You can upload this DSSP file to Espript instead of the PDB file, and Espript will work.

These are what I had to go through, and hopefully it may solve your trouble too. Comments are appreciated. Good luck!

招かれざる客

富士総火演にて没したFZ-5。壊れたのを口実にデジイチデビューも考えたのですが、やはり修理したほうが安い。当たり前ですが。というわけで今日はアキバにあるPanasonicの修理センターにてFZ-5に復活の呪文を唱えて頂きました。レンズ交換で￥8400也。

蘇ったカメラと共に帰宅したその夜。サラダでも食おうかと買ってきたレタスを捌いているとなにやら見慣れないものが。めったに遭遇するシチュエーションを把握するのに脳が手間取りましたが、よく見るとアオガエルが鎮座しているではありませんか。

とりあえず不法侵入者を拘束、タッパーウェアに隔離しましたがどうしよう。そういえば、サイクリングロード沿いに水田があったので明日そこに放とう、というサイクリングの口実ができましたとさ。おしまい。

H25 富士総合火力演習

こちらのブログもだいぶご無沙汰になってしまいました。

日本にて就職先が決まり、今年度よりイギリスから日本へ帰国しております。「毎年通ったイギリスのRIAT航空ショーにも行けなくなるのか」と肩を落としていましたが、ピンチは裏を返せばチャンスのはず。今まで経験のない陸上系に行ってみようかと応募した富士総合火力演習、青年枠で当選しました。今日は同僚と共に戦車の轟音を聞きに静岡に行ってきました。

行きは新宿から小田急箱根高速バスにて総火演の最寄り駅である御殿場駅に行きました。ちなみに何かのコラボレーション企画なのか、バスはエヴァ風でした（例）。

6:30に出たバスで、御殿場駅には8:10に着いたのですが、超・長蛇の列。シャトルバスで会場に到着した時には10:10を回っていました。実に1時間40分くらい並んでいたことになります。

並んでいる間は蒸気機関車や95式軽戦車の実物大の模型がありました。

 演習は前部と後部に分かれており、前部ではそれぞれの装備が射撃を、後部では実際の作戦を模擬的に遂行する、という流れでした。天候は悪く、数々の射撃や航空機のフライパス、空挺部隊や、音楽隊の演奏がキャンセルされたりと残念なことが多かったですが、初めて戦車の轟音を聞けたのは良かったです。

長年の愛機、DMC-FZ5がなんと会場でスイッチを入れた瞬間、お亡くなりになりました。 全てケータイでとったのでロクな写真ではありませんが、以下に張っておきます。

演習中、唯一まともに取れた写真です。

 

 演習後の装備展示

 

さすが最新の10式戦車の人気はすごいです。近づくことすらままならない。

 

90式戦車

個人的には流線型の砲塔が大好き、、74式戦車。

 

その他も色々な装備の展示がありました。

帰り際の図。何か場にそぐわない物があるようだが、気のせいだろうか。

って、そんなわけあるかー！　何故に萌え絵が。最早、陸自が萌えに浸食される日も近いのでしょうか。空自の痛ヘリの如く痛戦車がみられる日はそう遠くないのかもしれません。

初サイクリング@新住居

すっかり、こちらのブログもご無沙汰です。特に記事にするイベントがないわけで訳ではなく、むしろいろいろと忙しいのが理由なのでしょう。3月1日に、新しい職場近くの新住居に引っ越して以来、やっと落ち着いてきました。

ロンドンではあまりの交通量に恐怖をなして、買いそびれた念願の自転車も手に入れました。これで職場まで一っ跳びですが、それだけでは面白くありません。せっかくの週末なので、今日は川沿いにサイクリングに行ってきました。

天気も良かったせいか、川沿いには人が大勢いました。サイクリングしている人たちもいましたが、ほぼ全員がロードバイクに、オリンピック選手が如くサイクルウェアを着込んだ猛者ばかり。シャツにジーパン、クロスバイクという出で立ちの自分は明らかに浮いていたというのは、気のせいでしょう。

せっかくなので川沿いより、GPSでログを取ってみました。家から川に着くまでに4キロ弱あったので、総距離は40Kmくらいあるかと思われます。

https://docs.google.com/file/d/0B0vy1rhlLgJUT1ZCbW1iQVhWTDg/edit?usp=sharing

いつかは、高級なロードバイクにビンディングペダルをつけて遠征してみたいものです。

イギリスを舞台にした映画 など

しばらく前に友人より、イギリスを舞台にした映画のおすすめを聞かれました。考えてみれば、近頃は猫も杓子もハリウッド、イギリスを舞台にした作品を思い浮かべることができませんでした。

今年のイギリスはオリンピックやパラリンピック、女王即位60周年記念など、大いに盛り上がりました。そんな影響もあってか、今年になってイギリスを舞台にした映画がいくつか上映されていたようです。

書き留めておかなければ、自分も忘れてしまうので、その他のTVシリーズなどを加え取りあえずリストアップしてみました。どれもほとんど見ていないので、オススメはできません。暇があれば自分も見てみようと思います。

シャーロック・ホームズ 1 & 2
昔のロンドンを舞台に、アイアンマンでおなじみ、ロバート・ダウニーが活躍するそうです。

スウィーニー
2012年公開。現在のロンドンを舞台に、チンピラっぽいサツが悪を撃退する・・・らしいです。日本のアマゾンではまだ発売されていないようです。

シャーロック
「またかよ！」というコメントも同意できます。 しかしこちらは現在のロンドンを舞台に、アーサー・コナン・ドイルの小説を現代に合うようにアレンジしたお話です。登場するロンドンの有名な名所の中には、比較的新しい建物も登場します（ガーキンとか）。TVシリーズ、少なくとも第2シーズンまで発売されている模様。

ホワイトチャペル
僕が滞在している東ロンドンは、昔はギャングや犯罪が蔓延る恐怖の町だったそうです。そんな恐ろしい歴史を持つ町の、ホワイトチャペル地区を舞台にしたTVシリーズだそうです。

ジェームス・ボンド007　スカイフォール
絶賛上映中、だそうです。大学の教授が休日に息子さんと一緒に見に行ったそうです。イギリスのシーンではイギリスの天気の悪さが良く表わされていたそうです。

長く滞在してきたイギリスですが、来年の1月に帰国します。将来的にはヨーロッパに戻ってきたいと考えていますが、それは自分の実力次第です。向こう二年間は埼玉の研究所にて研究職に就きます。機会があれば、ぜひ連絡ください。