Espript : Trouble shooting

I like Espript very much, but it can be confusing when error messages follow your job submissions, and you don't know what you have done wrong. I document my recent experience below so that I may return to this and others may also find it useful.

1. Make sure the sequences in the alignment and PDB are consistent.

Espript looks at both aligned sequences and the PDB files, therefore it will be confused if there is an inconsistency between the sequence in the alignment and the PDB.
Often, the sequences downloaded from RCSB/NCBI are not identical to that in the PDB structure files. This is because not all coordinates can be assigned where electron densities are weak.

In this case, you can use this to extract the amino acid sequence from PDB files. And then you can use it to create a sequence alignment.

Usually this will give you an alignment that will work well for Espript.

If you are still having a problem, read on.

2. Check the quality of the PDB.

Open the "Server logs" tab in the "Results" window. Many clues can be found here if something goes wrong. In my case, the log told me it found this strange "X" amino acid in the PDB I uploaded.

On closer inspection, it turns out that the coordinates of sidechains were missing from some amino acids.
(This is a fairly common crystallographic problem. Sometimes electron densities are too weak for assigning coordinates. Actually, I like the authors' honesty for not assigning coordinates if there are no electron density)

Espript uses DSSP for extracting secondary structure information from PDBs. You can obtain the DSSP file of your PDB, and mine looked like below.

**Tip: I prefer to rename my DSSP file to something like "file.dssp" for clarity.

I "corrected" the DSSP output file by replacing those "X" amino acids by what really are suppopsed to be in those places. So in the case above, the first two "X" were replaced by K and R. Additionally, I had to make sure that the residue numbers are completely contiguous (continuous) in the "RESIDUE" column.

So now you have an edited DSSP file that describes the secondary structure of your PDB file. You can upload this DSSP file to Espript instead of the PDB file, and Espript will work.

These are what I had to go through, and hopefully it may solve your trouble too. Comments are appreciated. Good luck!

招かれざる客

富士総火演にて没したFZ-5。壊れたのを口実にデジイチデビューも考えたのですが、やはり修理したほうが安い。当たり前ですが。というわけで今日はアキバにあるPanasonicの修理センターにてFZ-5に復活の呪文を唱えて頂きました。レンズ交換で￥8400也。

蘇ったカメラと共に帰宅したその夜。サラダでも食おうかと買ってきたレタスを捌いているとなにやら見慣れないものが。めったに遭遇するシチュエーションを把握するのに脳が手間取りましたが、よく見るとアオガエルが鎮座しているではありませんか。

とりあえず不法侵入者を拘束、タッパーウェアに隔離しましたがどうしよう。そういえば、サイクリングロード沿いに水田があったので明日そこに放とう、というサイクリングの口実ができましたとさ。おしまい。

H25 富士総合火力演習

こちらのブログもだいぶご無沙汰になってしまいました。

日本にて就職先が決まり、今年度よりイギリスから日本へ帰国しております。「毎年通ったイギリスのRIAT航空ショーにも行けなくなるのか」と肩を落としていましたが、ピンチは裏を返せばチャンスのはず。今まで経験のない陸上系に行ってみようかと応募した富士総合火力演習、青年枠で当選しました。今日は同僚と共に戦車の轟音を聞きに静岡に行ってきました。

行きは新宿から小田急箱根高速バスにて総火演の最寄り駅である御殿場駅に行きました。ちなみに何かのコラボレーション企画なのか、バスはエヴァ風でした（例）。

6:30に出たバスで、御殿場駅には8:10に着いたのですが、超・長蛇の列。シャトルバスで会場に到着した時には10:10を回っていました。実に1時間40分くらい並んでいたことになります。

並んでいる間は蒸気機関車や95式軽戦車の実物大の模型がありました。

 演習は前部と後部に分かれており、前部ではそれぞれの装備が射撃を、後部では実際の作戦を模擬的に遂行する、という流れでした。天候は悪く、数々の射撃や航空機のフライパス、空挺部隊や、音楽隊の演奏がキャンセルされたりと残念なことが多かったですが、初めて戦車の轟音を聞けたのは良かったです。

長年の愛機、DMC-FZ5がなんと会場でスイッチを入れた瞬間、お亡くなりになりました。 全てケータイでとったのでロクな写真ではありませんが、以下に張っておきます。

演習中、唯一まともに取れた写真です。

 

 演習後の装備展示

 

さすが最新の10式戦車の人気はすごいです。近づくことすらままならない。

 

90式戦車

個人的には流線型の砲塔が大好き、、74式戦車。

 

その他も色々な装備の展示がありました。

帰り際の図。何か場にそぐわない物があるようだが、気のせいだろうか。

って、そんなわけあるかー！　何故に萌え絵が。最早、陸自が萌えに浸食される日も近いのでしょうか。空自の痛ヘリの如く痛戦車がみられる日はそう遠くないのかもしれません。

初サイクリング@新住居

すっかり、こちらのブログもご無沙汰です。特に記事にするイベントがないわけで訳ではなく、むしろいろいろと忙しいのが理由なのでしょう。3月1日に、新しい職場近くの新住居に引っ越して以来、やっと落ち着いてきました。

ロンドンではあまりの交通量に恐怖をなして、買いそびれた念願の自転車も手に入れました。これで職場まで一っ跳びですが、それだけでは面白くありません。せっかくの週末なので、今日は川沿いにサイクリングに行ってきました。

天気も良かったせいか、川沿いには人が大勢いました。サイクリングしている人たちもいましたが、ほぼ全員がロードバイクに、オリンピック選手が如くサイクルウェアを着込んだ猛者ばかり。シャツにジーパン、クロスバイクという出で立ちの自分は明らかに浮いていたというのは、気のせいでしょう。

せっかくなので川沿いより、GPSでログを取ってみました。家から川に着くまでに4キロ弱あったので、総距離は40Kmくらいあるかと思われます。

https://docs.google.com/file/d/0B0vy1rhlLgJUT1ZCbW1iQVhWTDg/edit?usp=sharing

いつかは、高級なロードバイクにビンディングペダルをつけて遠征してみたいものです。

イギリスを舞台にした映画 など

しばらく前に友人より、イギリスを舞台にした映画のおすすめを聞かれました。考えてみれば、近頃は猫も杓子もハリウッド、イギリスを舞台にした作品を思い浮かべることができませんでした。

今年のイギリスはオリンピックやパラリンピック、女王即位60周年記念など、大いに盛り上がりました。そんな影響もあってか、今年になってイギリスを舞台にした映画がいくつか上映されていたようです。

書き留めておかなければ、自分も忘れてしまうので、その他のTVシリーズなどを加え取りあえずリストアップしてみました。どれもほとんど見ていないので、オススメはできません。暇があれば自分も見てみようと思います。

シャーロック・ホームズ 1 & 2
昔のロンドンを舞台に、アイアンマンでおなじみ、ロバート・ダウニーが活躍するそうです。

スウィーニー
2012年公開。現在のロンドンを舞台に、チンピラっぽいサツが悪を撃退する・・・らしいです。日本のアマゾンではまだ発売されていないようです。

シャーロック
「またかよ！」というコメントも同意できます。 しかしこちらは現在のロンドンを舞台に、アーサー・コナン・ドイルの小説を現代に合うようにアレンジしたお話です。登場するロンドンの有名な名所の中には、比較的新しい建物も登場します（ガーキンとか）。TVシリーズ、少なくとも第2シーズンまで発売されている模様。

ホワイトチャペル
僕が滞在している東ロンドンは、昔はギャングや犯罪が蔓延る恐怖の町だったそうです。そんな恐ろしい歴史を持つ町の、ホワイトチャペル地区を舞台にしたTVシリーズだそうです。

ジェームス・ボンド007　スカイフォール
絶賛上映中、だそうです。大学の教授が休日に息子さんと一緒に見に行ったそうです。イギリスのシーンではイギリスの天気の悪さが良く表わされていたそうです。

長く滞在してきたイギリスですが、来年の1月に帰国します。将来的にはヨーロッパに戻ってきたいと考えていますが、それは自分の実力次第です。向こう二年間は埼玉の研究所にて研究職に就きます。機会があれば、ぜひ連絡ください。

紛らわしい外貨 - イギリスにて

2012年のオリンピックも終わり、ロンドンも落ち着いたようです。あとはパラリンピックを控えていますが、オリンピックほどの混雑は予想されないようです。

オリンピック中は混雑を避けるように日本に帰国していましたが、テレビでは競技に加えロンドンの特集番組が放映されていました。中でも目を引いたのが、英国内の偽札に関する特集。釣り銭で渡されたお札が偽札だった日本のコーチが、冤罪にも関わらず警察に補導されたそうです。いつか我が身にも降りかかるかもしれないことですが、実は似たようなことは以前からありました。

ロンドンは移民が多い場所なので、必然的に外貨も集まってくるのでしょう。釣り銭として渡されたコインで支払おうとすると「こんなんじゃダメだ」と言われてみれば、イギリスの貨幣そっくりな外貨が手元に紛れ込んでいたことが何度もありました。今回はそんなそっくりさんを見比べてみました。事の発端である外貨とイギリス貨幣を間違えた人は結局、損をしたのでしょうか？

まずは英10ペンスコイン（約13円）とカザフスタンの50テンゲ（約27円）。

英5ペンスコイン（約6円）と中国の1角（約1.3円）。

最後に英1ペンスコイン（約1.3円）と正体不明の銅コイン。

なぜか全部価値が低いコインばかりです。高価なコインはやはり独特な特徴を取り入れようとする各国の思惑があるからでしょうか？いずれにせよ、 外人の絶対数が少ない日本では、なかなか目にしない現象ですね。

RIAT 2012 航空ショー

毎年楽しみにしているRoyal International Air Tattoo (RIAT) に今年も行ってきました！地上展示やフライトデモが一日中目白押しで、楽しみに待っていた甲斐がありました。RIAT2006以来のV-22オスプレイやポーランドのMig-29、B2スピリットなど航空ファン垂涎の機体の飛行デモや展示があり、とてもエキサイティングな一日でした。特に今年は韓国のアクロ隊、ブラック ・イーグルズと航空自衛隊のKC-767といった極東勢も参加しいたのが、特に印象に残りました。

会場に入ってまず耳に入ったのはなんとエンジンの爆音ではなく、和太鼓の音でした。 おそらくKC-767とともに渡英した航空自衛隊の方々が太鼓を披露していました。力強い演奏にみな関心を寄せていました。

そして航空自衛隊のKC-767。航空自衛隊の展示はこれ一機のみでした。将来はもっと航空自衛隊の展示やデモが見られると嬉しいですね。

当日最初のアクロ隊による飛行デモ。民間のBreitlingのチーム。

 B-52。その大きさは圧巻です。

 アブロ・バルカンXH558機。大きな図体の割にはとても軽快な動きをします。格納庫の中はロンドンにある王室空軍博物館(RAF museum London)にて見ることができます。

 そして最近日本に配備されることがニュースにて取りざたされているV-22オスプレイです。並んでコックピットに入れるというので、さっそく入ってみました。

 機体後部より。軍用機なのでインテリアはきれいではありません。兵士たちが座る椅子が壁に取り付けられていました。その他のペイロードとしては、車両も搭載できるそうです。

 V-22のコックピットです。左右2席あります。計器類など、かなり年季が入っていました。オスプレイが初めて日本に配備するにあたり、その安全性が議論されています。パイロットに安全性について質問してみると、「とても安心して飛べる機体だ」という答えでした。オスプレイが日本に配備されることになっても、事故が起こらないことを期待します。

 RIAT初、韓国のアクロ隊、ブラック・イーグルズのデモです。アウェイでも高度なパフォーマンスを披露していました。いつか航空自衛隊のブルー・インパルスがRIATでのフライトを見られる日は来るのでしょうか。

  スロバキア軍のMig-29。Mig-29を見るのはロシアのMig-29OVTをRIAT2006以来です。 午後にはポーランド軍のMig-29による飛行デモもありました。

 すごい大群だー。

 間違いなくRIAT2012地上展示の雄、B-2スピリット。この機体はSpirit of New Yorkでした。

 V-22の飛行デモ。空中でローターをチルトさせることで、回転翼機と固定翼機両方の特性を持っています。

 アラブ首長国連邦のアクロ隊、Al Fursanです。僕が見るのは初めてです。

民間の運送会社、DHLによる飛行デモ。きれいなペイントが施された大きな機体による飛行がグラマラスでした。高度な運動能力を持たない普通の飛行機であるにもかかわらず、きれいな軌道で飛ぶその様は、民間とはいえパイロットの熟練度をうかがわせます。

そして期待の的、英アクロ隊レッド・アローズ(Red Arrows)の離陸です。去年は悲しい事件が2度もありましたが、なお飛び続ける彼らに感動します。(1 2)

そして最後のアクロ隊はパトルイユ・スイスでした。F-5戦闘機による飛行です。

他にも写真がありますのでPicasaアルバムへどうぞ！

RIAT 2012 Lumix

RIAT 2012 MN